Медицинский факультет Мюнстерского Университета был одним из четырех факультетов-основателей Мюнстерского университета, когда он был основан в 1780 году. После того, как университет закрылся в суматохе пост-наполеоновской эпохи и его воссоздания (1902 г.), в 1925 г. последовал «новый» медицинский факультет, задержанный Первой мировой войной. Все еще сравнительно молодой, сегодня это один из крупнейших и наиболее наукоемких медицинских факультетов в Германии. В Вестфальском университете Вильгельма он также образует Факультет 5 - Медицина.
Профиль исследований медицинского факультета в Мюнстерском Университете характеризуется четырьмя четко определенными фокусами, значительным участием в кластере передового опыта «Клетки в движении» и другими сильными сторонами, такими как визуализация. В области обучения он приобрел репутацию учреждения с высоким уровнем инноваций с такими инновациями, как высокомодульный курс или «учебная больница».
Более 2000 исследователей, в том числе около 110 профессоров, вносят свой вклад в научную деятельность медицинского факультета. Деканат поддерживает их работу посредством интенсивного продвижения молодых талантов, а также собственных инструментов финансирования, поощрений и конкурсов.
Самым тесным партнером факультета является, конечно же, Университетская клиника Мюнстера (UKM), высокорезультативное медицинское учреждение на 1425 коек. Факультет и клиника разделены примерно на 70 институтов и клиник.