Клиника в настоящее время расположена в нескольких местах по всему городу, и большинство клиник уже находится в новом здании больницы в Лобеде. Когда все новые здания будут заняты, Департамент психиатрии и психотерапии и Департамент детской и подростковой психиатрии, психосоматики и психотерапии будут единственными областями стационарной помощи, которые останутся на их месте в центре города Йена.
Существует ряд лабораторий, комнат для семинаров и лекционных залов, в которых обучаются 2400 студентов в области медицины, стоматологии и магистерской программы «Молекулярная медицина». В Лобеде находится Медицинская библиотека с книгохранилищем для 111 000 томов. В SkillsLab будущие врачи могут практиковать практические навыки.
Больничная кухня клиники обеспечивает 5 500 порций еды в день для пациентов и сотрудников, при этом в день обрабатывается две тонны еды, в том числе 1000 булочек, 300 кг картофеля и 160 кг яблок. Ежедневно в больницу доставляется до 8 тонн белья или снова оставляется для стирки. Для перевозки всех товаров, продуктов питания, а также для удаления отходов 24 транспортных робота, используемых только в новом здании, преодолевают около 280 километров в день.