Математика была представлена в Йенском Университете с момента основания университета и всегда отвечала за репутацию Саланы в прошлом.
Особого внимания заслуживает работа Фридриха Людвига Готтлоба Фреге, который заложил теоретические основы для последующего развития информатики своей новаторской работой по современной логике в начале 20-го века.
Даже сегодня математика и информатика являются столпами университета и определяют их современный профиль. Курсы, предлагаемые факультетом, включают программы бакалавриата и магистратуры по математике, бизнес-математике, информатике, прикладной информатике, вычислительной технике и науке о данных и биоинформатике, подготовке учителей по математике и информатике и математике / информатике как дополнительному предмету.